Quy trình này áp dụng đối với thuế XK, thuế NK; thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp; thuế Tiêu thụ đặc biệt, thuế Bảo vệ môi trường và thuế Giá trị gia tăng.

Cụ thể, quy trình hoàn thuế, không thu thuế gồm các bước sau: Tiếp nhận hồ sơ, thực hiện theo Điều 129 Thông tư số 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính; phân loại và phân công xử lý hồ sơ; kiểm tra hồ sơ thuộc loại hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau; kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, thực hiện đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau.

Tiếp đến là thực hiện hoàn thuế, không thu thuế. Thời hạn ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế.

Công chức Hải quan thực hiện thanh khoản và cập nhật thông tin vào hệ thống; lưu trữ hồ sơ, thông tin, gồm lưu trữ hồ sơ giấy và lưu trữ trong cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan; xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và hạch toán kế toán, thực hiện theo quy định tại Điều 49, Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC; báo cáo số liệu hoàn thuế, không thu thuế.

Bên cạnh đó, Quyết định số 1780/QĐ-TCHQ cũng hướng dẫn các bước trong quy trình xét giảm thuế. Đồng thời để tạo thuận lợi cho công chức Hải quan trong quá trình thực hiện thủ tục, Tổng cục Hải quan đã vẽ sơ đồ các bước trong các quy trình gồm:  Sơ đồ quy trình hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau; quy trình kiểm tra trước, hoàn thuế, không thu thuế sau; quy trình xét giảm thuế đối với hàng hóa trong quá trình giám sát của Hải quan bị hư hỏng mất mát; quy trình giảm thuế đối với nguyên liệu máy móc thiết bị NK theo hợp đồng gia công, SXXK bị thiệt hại do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ .

Quyết định 1780/QĐ-TCHQ bắt đầu có hiệu lực từ ngày 1-7-2016, thay thế Quyết định số 2424/QĐ-TCHQ năm 2008.